С появлением моста упорядочили проход судов через акваторию моря, ужесточили контроль сброса отработанных вод с судов, кроме того, сократилось использование маломерного флота в юго-восточном районе моря.
Исследования воды Азовского моря показали, что загрязнение тяжелыми металлами и мышьяком, хлорорганическими пестицидами и полихлорированными бифенилами по сравнению с предыдущими годами снизилось.
В целом загрязнение Азовского моря в 2018 году было хроническим, в частности, сохраняются очаги повышенного загрязнения в восточной части Таганрогского залива и в нескольких других районах.