Учебное заведение возглавила бывший ректор ЮФУ Марина Боровская. Она руководила вузом в течение шести лет и покинула должность в июле 2018 года после того, как председатель правительства России Медведев назначил ее замминистра науки и высшего образования Российской Федерации.
В марте 2020 года Боровская была освобождена от должности в связи с переходом на другую работу. Тогда она заявила, что собирается вернуться в ЮФУ.
Президента в университете будут избирать каждые пять лет.